Em 2009, a Associação Bandeira Azul de Ambiente e Educação (ABAAE) convidou a Federação a integrar o Júri Nacional da Bandeira Azul. Desde então, a FPCP participa na avaliação das praias galardoadas e nos debates sobre a qualidade ambiental do litoral.
Em novembro de 2025, o Programa Bandeira Azul reuniu investigadores e entidades públicas para debater a gestão da macroalga invasora Rugulopteryx okamurae, que tem afetado praias do Tejo, do Algarve e dos Açores.